La temporada de la Bundesliga comenzó y los fanáticos han sido testigos de mucha acción en estos pocos períodos de su comienzo. 28.572 aficionados presentes en el estadio. Desde la mudanza, el Bayern ha ganado la mayoría de sus partidos allí, y el estadio fue bien recibido por los fanáticos, con casi todos los partidos en casa frente a multitudes llenas. Una derrota por 0-2 en casa contra el Milan en la Liga de Campeones y una devastadora derrota por 2-0 fuera de casa ante el eventual campeón de la Bundesliga, el VfB Stuttgart, en particular, llevó a los funcionarios del club a reevaluar al equipo que finalmente terminó cuarto en la Bundesliga; ya se dijo en la temporada 2006-07 que el equipo del año siguiente sería drásticamente diferente. El ex azulgrana José Arnaiz y Roberto Torres marcaron para los visitantes, mientras que Messi marcó el único gol de los locales. El 9 de diciembre de 2020, Süle anotó su primer gol en la Liga de Campeones en la victoria por 2-0 sobre el Lokomotiv de Moscú. A pesar de sus mejores esfuerzos, no pudo dar la vuelta a la temporada y llevar al Bayern a la campaña de la Liga de Campeones 2007-08, que en cambio "relegó" al club a la Copa de la UEFA 2007-08, en la que había jugado por última vez en el Temporada 1995-96. Probablemente fue cuando se hizo evidente que Klose sería "el jugador que se uniría al Bayern" durante más de un año si se quedaba, que el Bremen finalmente acordó la transferencia por una supuesta suma de aproximadamente 12 millones de euros.
Otros jugadores destacados que se unieron al "nuevo" Bayern para la próxima temporada fueron los internacionales alemanes Marcell Jansen y Jan Schlaudraff. Sin embargo, cuando las ambiciones del delantero holandés Ruud van Nistelrooy de dejar el Manchester United se hicieron públicas, Uli Hoeneß expresó la intención de ficharlo, aunque finalmente se quedó corto después de que Van Nistelrooy decidiera unirse al Real Madrid. Promociones, Chico Dorado. "Canelo Alvarez y Golden Boy Promotions firman una asociación histórica de cinco años con el líder mundial de transmisión de deportes DAZN". En 2001, tras un cuarto de siglo de ausencia, la Copa de Europa finalmente volvió a Múnich. Fue el momento en que Ottmar Hitzfeld sucedió a Udo Lattek como el entrenador alemán más exitoso, e incluso encontró un lugar para sí mismo entre los mejores entrenadores europeos de todos los tiempos. Fue reemplazado por Ottmar Hitzfeld, regresando para su segundo período a cargo. En su primer año a cargo dirigió al club a un doblete. En el desgarrador final de la Bundesliga, el Bayern se mantuvo por delante del Schalke 04 gracias al gol del defensa sueco Patrik Andersson contra el Hamburger SV literalmente en el último segundo de la temporada, asegurando al club un tercer título consecutivo.
El Bayern lideró temprano después de un tiro libre de Mario Basler y controló la mayor parte del partido, pero el Manchester United le dio la vuelta al partido de manera sensacional en el tiempo de descuento. El Bayern se vengó del Manchester United, campeón de 1999, en cuartos de final con dos victorias (1-0, 2-1). La semifinal volvió a ser escenario de un partido de revancha, esta vez el Real Madrid fue el adversario: el Bayern ganó los dos partidos ante los castellanos (1-0, 2-1). En la final de Milán, Valencia de España quedó en segundo lugar, como el año anterior. La otra cara de la renovación del equipo fue que varios jugadores notables abandonaron el club: Owen Hargreaves fue fichado por el Manchester United después de que el Bayern rechazara la transferencia un año antes, mientras que los delanteros Claudio Pizarro y Roque Santa Cruz también se fueron a clubes ingleses, Chelsea y Blackburn Rovers respectivamente (Santa Cruz saltó a la fama rápidamente en Blackburn, anotando 19 goles en su primera temporada en la Premier League después de solo 31 goles en la Bundesliga en ocho años en el Bayern). Mientras tanto, Roy Makaay se mudó al Feyenoord y vio disminuir sus posibilidades de titular con los fichajes de sus compañeros delanteros Toni y Klose, mientras que Ali Karimi dejó el club después de dos temporadas y Andreas Görlitz fue cedido al Karlsruher SC. La temporada siguiente, el equipo, reforzado con la adquisición por 19 millones de euros del delantero holandés Roy Makaay procedente del Deportivo de La Coruña, superó al menos este escollo, pero incluso un Real Madrid en crisis consiguió eliminar a los Reds en octavos de final. El propio Bayern no alcanzó una forma consistente durante todo el año e incluso la antigua defensa sólida demostró ser muy vulnerable.
El 8 de marzo de 2023, el Milán venció al Tottenham por un global de 1-0 y alcanzó los cuartos de final de la Liga de Campeones por primera vez desde la temporada 2011-12. En los cuartos de final de la Liga de Campeones, el eventual ganador, el Real Madrid, se impuso con una victoria global de 3-2 (2-1, 0-2). La salvación fue el triunfo de la Copa Intercontinental en Tokio ante Boca Juniors a través de un gol de Sammy Kuffour en la prórroga. Volvió a ser el doblete nacional que se pudo celebrar en el nuevo campo a final de temporada; sin embargo, el desempeño del club a nivel internacional demostró una vez más ser bastante pésimo: una aplastante derrota por 1-4 ante el Milan en los octavos de final de la Liga de Campeones 2005-06 puso fin rápidamente a su campaña. En su primera temporada en 1999, el Bayern ganó el título de liga, pero sin duda lo más destacado fue la inolvidable final de la Liga de Campeones en Barcelona. Los próximos seis años del Bayern estarían marcados por un enorme éxito. El Plato de Campeonato y la Copa fueron también regalos de despedida para Bixente Lizarazu y Jens Jeremies, dos jugadores que pusieron fin a su carrera tras muchos años de éxitos en el club. En la próxima temporada, el equipo no pudo ganar un cuarto título consecutivo de la Bundesliga, ni la copa.